Nel 1869 il complesso venne donato alla città di Venezia dall’ultimo erede della famiglia Querini, Giovanni, che chiese in cambio che la ricca biblioteca fosse aperta nelle ore in cui chiudevano le altre biblioteche della città: per anni, infatti, la biblioteca Querini è stata l’unica a rimanere aperta fino a tarda sera, frequentatissima dagli studenti. Il giardino, disegnato da Scarpa in continuità con il piano terra del palazzo, si scopre poco alla volta: da una piccola corte, attraverso una finestra ritagliata in un setto in cemento, si intravede il prato in forma rettangolare, leggermente rialzato, che sembra librarsi quasi in un rimando all’eterea levità dei giardini giapponesi. La parte in erba è delimitata da una stretta canaletta in cemento che nasce da una fontanella in forma di labirinto per finire in un secondo gioco d’acqua con un pozzo in pietra d’Istria. Ogni elemento, lapideo e vegetale, è collocato con attenzione compositiva minuziosa: sul prato, solo pochi esemplari scelti per la bellezza della forma e della fioritura: un ciliegio e una magnolia da fiore e, un tempo, anche un albero di Giuda. Nella parte più protetta del giardino crescono grandi esemplari di mirto e una bella Feijoa sellowiana.
Il giardino va visitato in silenzio più volte nel corso del giorno e dell’anno perché molteplici e stupefacenti sono i continui rimandi di luce ed ombra, i riflessi d’acqua e di mosaici d’oro – tra i quali quello tratto da motivi figurativi di Paul Klee – nel continuo, incessante, discreto suono della fontanella.